平成34年度に九州新幹線西九州ルートが開業した後の長崎本線（肥前山口～諫早間）の取扱いは、以下のとおりとなっています。
肥前山口～諫早間の運行について
JR九州は、肥前山口～諫早間を上下分離方式により運行することとし、平成34年度の西九州ルート開業後も23年間運行します。
開業後の運行本数について
博多～肥前鹿島間の特急列車については、JR九州が平成34年度の開業から3年間は上下合わせて14本程度運行させ、その後は上下合わせて10本程度
運行します。また、普通列車はこれまでどおりの本数を運行します。
鉄道施設の無償譲渡について
JR九州は、開業までに肥前山口～諫早間の線路等の設備修繕を集中的に行ったうえで、佐賀県と長崎県に無償で鉄道施設を譲渡します。
※なお、譲渡後の肥前山口～諫早間の線路や駅舎などの維持管理経費については、佐賀県と長崎県が1：2の割合で負担します。