ウイルス課
1 ウイルス及び主に遺伝子学的検査と必要とする病原体（以下「ウイルス等」という。）の検査に関すること
2 ウイルス等に起因する感染症及び不明疾患の調査研究に関すること
3 ウイルス等に起因する感染症及び不明疾患に係る諸検査に関すること
4 ウイルス等に起因する感染症の発生動向調査に関すること
5 ウイルス等に起因する感染症情報の収集及び提供に関すること
6 ウイルス等に起因する感染症に関する諸検査法等の教育講習及び技術的指導に関すること
7 衛生薬業センターの所管事務の総合調整に関すること
8 公印の管守に関すること
9 職員の身分、服務その他人事に関すること
10 文書の収受、発送、整理及び保存に関すること
11 その他他課の所掌に属しない事務に関すること
微生物課
1 微生物及びその他の微生物（以下「微生物等」という。）の検等に関すること
2 微生物等に起因する感染症及び不明疾患の調査研究に関すること
3 微生物等に起因する感染症及び不明疾患に係る諸検査に関すること
4 微生物等に起因する感染症の発生動向調査に関すること
5 微生物等に起因する感染症情報の収集及び提供に関すること
6 微生物等に起因する感染症に関する諸検査法等の教育講習及び技術的指導に関すること
理化学課 食品担当
1 食品等の企画、基準に関する理化学的諸検査及び調査研究に関すること
2 食品等に係る健康危機管理及び苦情等に関する理化学的諸検査及び調査研究に関すること
3 理化学的諸検査の教育講習及び技術的指導に関すること
理化学課 環境衛生担当
1 上水道に関する諸検査及び調査研究に関すること
2 廃棄物及び廃棄物処理場に関する諸検査並びに調査研究に関すること
3 家庭用品試験に関すること
医薬品課
1 医薬品等に係る諸検査及び調査研究に関すること
2 無承認無許可医薬品に係る諸検査及び調査研究に関すること
3 医薬品製造業者等の技術支援に関すること